Durante la Colonia, el cargo de Cacique fue visto de diversas formas por el común español, presentando una variación general a lo largo del tiempo. Fue el Virrey Toledo, en el Siglo XVI, quien dentro de sus consideraciones al respecto, miraba a los Caciques como piezas fundamentales en el proceso de evangelización y control de los indígenas. En su visión del Cacique ideal, él lo conceptualizaba como un líder de doctrina, fiel a la Corona, instruido para leer, escribir y contar; para esto, vio en la creación de colegios para Caciques una necesidad imperante. La conformación de estos colegios para Caciques, no solo significaba un privilegio para los Caciques, sino mas bien, un reconocimiento y reivindicación de su estatus, permitiéndoles igualarse, en cierta forma, a los españoles; es decir, cambiar la estratificación vertical existente de opresores y oprimidos, por una donde se diferencie las élites, españolas e indígenas por igual, del común español, mestizo e indígena.
El Virrey Toledo recibió todo el apoyo por parte de los Jesuitas para la implementación de los colegios, pero a su vez, la oposición de diversas autoridades y del común español. La oposición se fundamentaba en la falta de recursos para tal proyecto, lo cual podía mas bien, en vez de favorecer, perjudicar al indígena común, al ver diezmados sus recursos colectivos. En realidad, como lo muestran los documentos de la época, la oposición por parte de las autoridades españolas radicaba en la corrupción imperante durante la colonia, ya que existía un verdadero negociado al realizar los pagos, correspondientes a ordenanzas reales, en productos y no en efectivo como correspondía. Algo que también disgustaba a los españoles, incluyendo a cierto grupo del clero, era la posibilidad que se habría para que los indígenas ocuparan el mismo nivel político, social y religioso. Por otro lado, los jesuitas no eran bien vistos debido a la amenaza que representaban de poder llegar a conformar un dominio en los aspectos educativo y económico, debido a sus grandes dotes en docencia y administración.
Durante el periodo de implementación de los colegios de Caciques, se dieron donaciones, con la intención de parte de sus benefactores, de obtener un conjunto de beneficios recíprocos, destinados principalmente a la salvación de sus almas. Entre ellos, ubieron casos tristes, en los que los benefactores, no alcanzaron lo solicitado y mas bien, perdieron sus riquezas, quedando en la completa miseria. Fue durante la segunda década del Siglo XVII que el Virrey Esquilache, en contra de un considerable grupo de la elite española, fundó los colegios proyectados por el Vierrey Toledo, el del Príncipe en Lima para lo Caciques de los llanos y el de San Borja en Cuzco para los Cacique de las alturas y los nobles Incas, ambos bajo la batuta de los Jesuitas; con el tiempo, el colegio de San Borja, se consolidó como exclusivo a las élites Inca. Tanto en Lima como en Cuzco, por consideración de los Jesuitas en sus inicios, la enseñanza comprendia aprender a leer, escribir, contar, doctrina cristiana, música y gramática, siendo esta última, privilegio de las élites que demuestren capacidad para su estudio. A pesar de recibir una educación, en cierto modo importante, las élites indígenas, continuaban siendo despreciadas por parte de los españoles y criollos, quienes seguían renuentes a la igualdad de razas. Con el pasar de los años, se manifestó una diferencia notoria entre los Caciques de origen Inca y los de origen distinto, manifestada en la calidad de enseñanza en Cuzco, muy por encima de la de Lima, quedando el colegio del Principe relegado a la enzeñanza de primeras letras; ademas, existía una diferencia marcada en la infraestructura de ambos colegios, todo esto, debido a la relación existente entren los Jesuitas y la élite Inca.
En el caso particular de las Cacicas, denominadas Capullanas en la costa, perdieron su condición de élite indígena de la cual gozaban en tiempos prehispánicos, tiempo en que poseian un poder real sobre su etnia y propiedades particulares, quedando relegadas a contar con un cargo solo nominal, ya que para poder obtener algún tipo de benficio debian casarse, siendo el esposo quien ejercería el cargo de Cacique con todo lo que conlleva el cargo. Razón por la cual, fueron blanco de muchos inescrupulosos que solo las buscaban para casarse con la finalidad de conserguir los beneficios de su cargo. Estas mujeres, a pesar de su condición de élite indígena, casi no tenian mas derechos que las mujeres indígenas del común, dependiendo para todo de la autorización y firma del esposo. Para su educación contaban, como única posibilidad, con los Beaterios fundados por mujeres nobles, donde se les impartía basicamente la doctrina cristiana; posteriormente, se vieron casos en que eran indias nobles las que fundaron dichos monasterios, las mismas que provenian de los anteriormente citados.
A finales del Siglo XVII, con el gobierno del Virrey Amat y Junient, la visión que se tenía de los caciques empesó a cambiar, presentandoseles la posibilidad de acceder a mejores niveles de estudio, un paso más en la tan ansiada reivindicación de las élites indígenas. En un principio, con la expulsión de los Jesuitas, se dieron cambios en los colegios de Cuzco y de Lima. El Colegio de San Borja, en Cuzco, cambió de nombre a Colegio del Sol, mientras que en el del Principe, al cambio fue de ubicación, trasladandose al Centro de Lima. Aunque en el papel parecian venir las mejoras para la educación de los Caciques, la realidad fue otra, la corrupción continuo en vez de aminorar, y los Colegios, en vez de contar con el apoyo pertinente, se bieron cada vez mas deteriorados en su infraestructura, algo dificilmente visto durante la administración por tarte de la Compañía de Jesús. La rebelión en 1780 del Cacique José Gabriel Condorcanqui, conocido como Tupac Amaru II, cambió la optica hacia los Caciques, siendo la finalidad del gobierno español, disminuir su poder. A pesar de no tener la certeza de que el Cacique rebelde se educara en San Borja, ni considerar que aquellos que con seguridad se formaron en él, los españoles llevaron a menos las consideraciones, ya pocas por ese entonces, tenidas con el mencionado colegio. Mientras La educación en Cuzco iba en detrimento, la impartida en Lima se iba veneficiando del hecho de encontrase tan cerca al nucleo del poder colonial. Como alternativa, para darles la posibilidad de conservar algo de su elitismo ancestral, se habrió la posibilidad de incursionar, mediante sus estudios y previa evaluación, en carreras como la eclesiastica entre otras. Fué en la última decada del Siglo XVIII que, como medida de mantener contentos a americanos criollos, mestizos e indígenas, que se habrió la posibilidad de que estosocuparan cargos importantes en España, al igual que los españoles lo hacian en américa, previa realización de estudios en el prometido Colegio de Nobles Americanos. Esto era posible a becas que el Rey otorgaba a nobles americanos según el orden de la solicitud presentada y previa aprobación de requisitos. Si bien es cierto que el proyecto beneficiaba tanto a españoles como a americanos, este no llegó a funcionar, quedando sólo como una utopía.
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Fuente: Monique Alaperrine-Bouyer. LA EDUCACIÓN DE LAS ÉLITES INDÍGENAS EN EL PERÚ COLONIAL. Primera Edición 2007.